No il cavo va tenuto scollegato finchè non hai messo il dispositivo in uno stato in cui smette di ricevere aggiornamenti. Se non fai nulla a riguardo li riceve non appena lo colleghi.
La gui modificata è un grosso pacco di file modificati che appunto modificano prevalentemente la gui, ma non solo. Tu puoi benissimo modificare solo alcuni file in modo da fare solo alcune cose o installare altre app che la gui modificata non prevede. Non so se sei pratico di android ma lì è lo stesso, quando fai il root puoi modificare quello che ti pare, poi cosa modifichi o cosa installi sono affari tuoi. La gui modificata serve solo a dare una faccia colorata ad alcune di queste possibili modifiche e a renderle accessibili anche a chi non sa farle da sè.
Il router si aggiorna sempre da solo perchè è telegestito. Quando questo accade a seconda di quante e quali cose sono cambiate nel nuovo firmware le mod che fai o la gui modificata si spaccano. Quando cambi rom su android ti viene sempre richiesto di cancellare anche la partizione dati, il cambio firmware senza reset è quasi sempre deleterio, tranne che per piccoli aggiornamenti. Qui è uguale, c'è il firmware che viene aggiornato e rimpiazza il precedente, ma le mod che vi si applicano sopra restano lì, quindi nel caso non fossero compatibili col nuovo firmware si spacca più o meno tutto. a prescindere dalla gui modificata, quello che devi fare tu è impedire che tim ti installi nuovi update tramite telegestione, e farlo eventualmente tu quando serve. Disabilitare del tutto la telegestione non è una grande idea perchè in fondo è comodo farsi impostare tutto correttamente da tim se la tua linea è tim.
Prima di procedere a fare qualcosa di pratico decidi quale delle due strategia di prima adottare. Poi procedi fino all'aggiornamento firmware (all'ultima versione ovviamente, quella che hai ora), fermati prima di installare la gui modificata. A quel punto collega il dispositivo ad internet, la telegestione lo configurerà, e sarai arrivato allo stesso punto di dove sei ora prima di iniziare, solo che avrai l'accesso root. Poi decidi se installare la custom gui o meno. Se decidi di farlo, vai nel suo thread, e chiedi lì aiuto sul come farlo e fatti spiegare come quella mod può impedire che dopo averla installata tim invii aggiornamenti firmware indesiderati. Se invece decidi di non installarla, torna qui e chiedi aiuto sul come impedire a tim di installare aggiornamenti firmware quando dice lei.