Il fatto è questo, che qualcuno scriva versioni vergini di quei file in /overlay dopo che la migrazione di quelli buoni è già avvenuta non ve ne dovrebbe fregare nulla, tanto quei file verrebbero tutti nascosti dalle loro versioni corrette in modoverlay. Il problema è che però la migrazione continua a spostare tutto ciò che trova in modoverlay ad ogni riavvio (è per questo che
@lorenzocanalelc se le è trovati in /modoverlay). Sì, lo fa solo quando c'è roba in /etc/config mi pare, ma tanto basta. Provate a metterci quella famosa flag che ne indica la migrazione compiuta, invece di controllare il contenuto di /overlay e vedete come va.
Sì, la spiegazione di prima la riscriverei così:
L'unica ragione per cui tu debba ritrovarti un file config di default sull'overlay è che qualcuno abbia lo abbia caricato da un handle aperto in /saferoot dopo l'rm del medesimo e committato sullo stesso handle in /saferoot ricreando quello rimosso. L'unico modo per risolvere questa cosa che mi viene in mente è quello di non fare l'rm di /etc/config dopo il trasferimento in modoverlay. Ma di risolverla in realtà non ce n'è bisogno, basta non continuare a ricopiare ogni volta all'avvio questi file in /modoverlay