Non ho capito se hai fatto un progetto nuovo in vb o cerchi di estrarlo dal tool, anche perchè il tool è in c# non vb.
Nel caso sia la prima che ho detto a che punto sei ? cosa manca da fare ?
Avendo tenuto solo i src e non l' exe pulito ho dovuto ricompilare tutto... due ore a capire perchè il tool per deofuscare non si compilava più 
Ho uppato uno zip con l' exe deofuscato e una dll (ssh.net) che serve per poterlo decompilare con .net reflector (...) :christmas:
Ho riprovato anche a sostituire il tar che và a installare il tool (ne ha due dentro in realtà, uno con la gui e uno senza) ma non sono arrivato a nulla, mentre invece a ricompilarlo mi tira fuori una cosa come 2096 errori ahah
anche se fatto in c#, in .net reflector puoi scegliere in che linguaggio visualizzare ed esportare il progetto, al max se è in c#, con sharpdevelop (alternativa al visual studio), puoi convertire un intero progetto da c# in vb.ner e viceversa, cmq ora gli do un okkio...
ok... anche a te (deoffuscato in modi differente da quello usato da me!), da i soliti problemi, mi spiego:
questo pezzo di codice l'ho preso dalla sub: Button_click, che sarebbe il tasto che si clicka per procedere allo sblocco, ora:
Dim document As Object = Me.wb.Document
If MainWindow.<>o__47.<>p__2 Is Nothing Then
MainWindow.<>o__47.<>p__2 = CallSite(Of Func(Of CallSite, Object, Boolean)).Create(Binder.UnaryOperation(CSharpBinderFlags.None, ExpressionType.IsTrue, GetType(MainWindow), New CSharpArgumentInfo() { CSharpArgumentInfo.Create(CSharpArgumentInfoFlags.None, Nothing) }))
End If
Dim target As Func(Of CallSite, Object, Boolean) = MainWindow.<>o__47.<>p__2.Target
Dim <>p__ As CallSite = MainWindow.<>o__47.<>p__2
ad esempio: If MainWindow.<>o__47.<>p__2 Is Nothing Then, dove: MainWindow.<>o__47.<>p__2 credo con molta certezza che sia un controllo della form, cioè un oggetto, potrebbe essere una checkbox, una textbox, una textbox tipo quella del nome utente, ove, se fosse null, cioè senza caratteri porterebbe ad un messaggio del tipo "manca il nome del login", ora, nn c'è solo questa variabile ad essere "storpiata", e nn c'è modo di risalire alla sua origine, se nn facendo delle prove, ma tutta la sub è piena di queste variabili non deoffuscate per bene, quindi o si lasciano delle note, dei commenti su ognuna di queste variabili e cercare, a tentativi di posizionarle al loro giusto posto, oppure bho..... cmq, a sapere con certezza il procedimento di check versione e iniezione del nuovo codice, si potrebbe ancheazzardare un tool ex novo, xo' per il resto, tutto sembra essere ok. gli unici erorri sono riferiti a quella sub e a quegli oggetti (almeno nel mio disassemblato, nel tuo ce ne sono molti ma molti di piu).
dopo magari provo anche a mettere la gui nuova come risorsa al posto di quella vecchia, ma poi chi prova??? io no!

P.S.: nel tuo exe, le 2 risorse, mi risultano essere in relata 2 exe.... bha....