No no, niente autoflashgui, quello serve solo per il root di determinate versioni firmware, usandolo per caricare nuovi firmware incasineresti inutilmente (così coem si incasina quando il provider te lo aggiorna all'improvviso in automatico). Si aggiorna sempre prima la mod in modo che sia pronta a supportare il nuovo firmware, poi si aggiorna il firmware con l'apposita funzione fornita dalla mod, perchè solo così si lascia gestire la cosa alla mod nel modo corretto.
Per il ripristino è come hai detto, quindi TFTP del firmware rootabile, root come da guida per il tuo modello e successivo setup delle varie mod.