Probabilmente la versione della gui 9.6.65 non è pienamente compatibile con il fw 2.3.3, infatti la maggior parte della gente che ha fw 2.3.x, usa anche la gui v9.6.90 (Versione sviluppatore "dev"). Diciamo che non vengono toccate da un pò di tempo, è per questo motivo che non sono compatibili pienamente con i nuovi firmware.
Sta a te scegliere se usare un firmware nuovo con la versione gui dev oppure usare un firmware vecchio con la versione gui stabile. Nel caso il ramo della gui lo puoi cambiare direttamente nell'interfaccia "Impostazioni gui > canale aggiornamento".
E visto che hai installato la gui offline, ricordati di attivare/installare App specifica che trovi sempre nella stessa scheda dei aggiornamenti.
Per quanto riguarda lo scritp flashfirmware.sh e l'errore nell'eseguirlo, aveva ragione larsen64it, è l'editor di default in windows che non funziona. Tu probabilmente hai cambiato lo script con l'editor in WinSCP, questo ha sistemato le cose in qualche modo.
In pratica si basterebbe usare direttamente Winscp per creare gli script, senza neanche installare/usare notepad++.